Die Methode des ontogenetischen Denkens lässt sich auf jedes beliebige Realsystem anwenden.
Unter Realsystemen werden solche Systeme verstanden, die als empirisch beobachtbare Systeme in Raum und Zeit existieren, existiert haben bzw. existieren werden. Ausgeschlossen sind damit beispielsweise mathematische Objekte wie Zahlen oder rein fiktionale Vorstellungswelten aus der Literatur. Die Methode lässt sich einerseits analytisch anwenden, indem man die Eigenschaften eines existierenden Systems beobachtet und sich dann fragt, wie das System aufgebaut und entstanden sein könnte. Man kann die Methode aber genauso gut konstruktiv anwenden, d.h. sich überlegen, wie und auf welchem Wege man ein System aufbauen müsste, damit es bestimmte gewünschte Eigenschaften erhält. Da die Methode des ontogenetischen Denkens auf ein umfassendes Systemverständnis zielt, lässt sich damit das Systemverhalten sowohl vergangenheitsorientiert erklären als auch prognostisch für die Zukunft vorhersagen. Allerdings lassen sich Systeme nur in unterschiedlichem Präzisionsgrad in ihrem Verhalten erklären bzw. vorhersagen – auch hier liefert ein fundiertes Systemverständnis eine Abschätzung, in welchem Ausmaß das Systemverhalten verlässlich ist bzw. wie stark man mit Überraschungen rechnen sollte.
Die Methode des ontogenetischen Denkens ist allerdings auch kein Zauberwerkzeug, sondern nur ein heuristisches Mittel. Die Denkmethode liefert die Fragen, nicht die Antworten. Auf die Antworten kann man nur mit einem fundierten Wissen und einer Prise Phantasie kommen. Dabei sollte man auf Kohärenz und Konsistenz der Antworten auf die drei Leitfragen achten. Je mehr innere Zusammenhänge die Antworten zeigen und je weniger Adhoc-Annahmen man treffen muss, desto eher darf man hoffen, eine gute und belastbare Erklärung für das betrachtete System gefunden zu haben.
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